Na řízení a organizaci projektu Kampusu Albertov se podílejí zástupci zúčastněných fakult, univerzity a zástupce ministerstva školství. Výkonnou složku zajišťuje manažer projektu se svým týmem. Řídící struktura má následující složky:
Monitorovací výbor
Složený se z děkanů zúčastněných fakult, rektora a dalších zástupců vedení univerzity, zástupce Ministerstva školství ČR.
prof. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D., rektorka UK
prof. RNDr. Jiří Zima, CSc., děkan Přírodovědecké fakulty UK
doc. MUDr. Martin Vokurka, CSc., děkan 1. lékařské fakulty UK
doc. RNDr.Mirko Rokyta, CSc., děkan Matematicko–fyzikální fakulty UK
MUDr. Josef Fontana, Ph.D., člen kolegia rektorky pro strategie, analýzy a transfer
Pracovní skupina
Složená ze zástupců jednotlivých fakult a rektorátu univerzity.
MUDr. Josef Fontana, Ph.D., prorektor pro strategii a rozvoj
Mgr. Martin Maňásek, kvestor
prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D., předseda Vědecké rady KA
RNDr. Aleš Soukup, Ph.D., proděkan Přírodovědecké fakulty
Ing. Ivan Mikula, Ph.D., 1. lékařská fakulta
doc. PhDr. RNDr. Josef Stráský, Ph.D., Matematicko-fyzikální fakulta
Ing. Jiřina Kurzová, vedoucí odd. strategických investičních projektů, UK
Vědecká rada
Zastoupena odborníky vědeckých směrů, garanty vědecko-výzkumného programu Kampusu Albertov.
prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D., předseda Vědecké rady Kampus Albertov
prof. RNDr. Jan Hála, DrSc., prorektor pro rozvoj UK
doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc., prorektor pro vědeckou činnost UK
RNDr. Jakub Langhammer, Ph.D., proděkan Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Martin Mihaljevič, CSc., proděkan Přírodovědecká fakulta UK
doc. RNDr. Ivan Němec, Ph.D. proděkan, Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D., proděkan Přírodovědecká fakulta UK
doc. RNDr. Martin Ouředníček, Ph.D., proděkan, Přírodovědecká fakulta UK
doc. RNDr. Adam Petrusek, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK
RNDr. Aleš Soukup, Ph.D., proděkan, Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Luděk Sýkora, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Zdeněk Fišar, DrSc., 1. lékařská fakulta UK
Ing. Ivan Mikula, Ph.D., proděkan, 1. lékařská fakulta UK
doc. MUDr. Ondřej Šeda, Ph.D., 1. lékařská fakulta UK
prof. MUDr. Libor Vítek, Ph.D., 1. lékařská fakulta UK
prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc., Matematicko-fyzikální fakulta UK
doc. RNDr. Tomáš Halenka, CSc., Matematicko-fyzikální fakulta UK
doc. Mgr. Michal Kulich, Ph.D., Matematicko-fyzikální fakulta UK
doc. RNDr. Pavel Svoboda, CSc., Matematicko-fyzikální fakulta UK
Manažer projektu a jeho tým, jehož složení je odvislé od aktuálních potřeb v jednotlivých fázích projektu.