Na řízení a organizaci projektu Kampusu Albertov se podílejí zástupci zúčastněných fakult, univerzity a zástupce ministerstva školství. Výkonnou složku zajišťuje manažer projektu se svým týmem.
Řídící struktura má následující složky:
Monitorovací výbor – sestávající z děkanů zúčastněných fakult, rektora a dalších zástupců vedení univerzity, zástupce Ministerstva školství ČR
Pracovní skupina – složená ze zástupců jednotlivých fakult a rektorátu univerzity
Vědecká rada – zastoupena odborníky vědeckých směrů, garanty vědecko-výzkumného programu Kampusu Albertov
Manažer projektu a jeho tým, jehož složení je odvislé od aktuálních potřeb v jednotlivých fázích projektu
Projekt se uchází o finanční podporu z Národního plánu obnovy