Na řízení a organizaci projektu Kampusu Albertov se podílejí zástupci zúčastněných fakult, univerzity a zástupce ministerstva školství. Výkonnou složku zajišťuje manažer projektu se svým týmem. Řídící struktura má následující složky:

Monitorovací výbor

Složený z děkanů zúčastněných fakult, rektora a dalších zástupců vedení univerzity, zástupce Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR.

• prof. RNDr. Jiří Zima, CSc., rektor UK

• Ing. Jan Dobrovský, MHA

• Mgr. Martin Maňásek, kvestor UK

• doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D., děkan Přírodovědecké fakulty UK

• doc. MUDr. Martin Vokurka, CSc., děkan 1. lékařské fakulty UK

• doc. RNDr. Mirko Rokyta, CSc., děkan Matematicko–fyzikální fakulty UK

• zástupce Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR

Pracovní skupina Kampusu Albertov

Složená ze zástupců jednotlivých fakult a rektorátu univerzity.

• Mgr. Martin Maňásek, kvestor UK

• Ing. Jan Dobrovský, MHA

• prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D., předseda Vědecké rady KA

• RNDr. Aleš Soukup, Ph.D., proděkan PřF pro Kampus Albertov a projektovou činnost

• Ing. Ivan Mikula, Ph.D., 1. lékařská fakulta

• doc. PhDr. RNDr. Josef Stráský, Ph.D., Matematicko-fyzikální fakulta

• Tomáš Zmrhal, DiS., hlavní manažer projektu Kampus Albertov

Manažer projektu a jeho tým, jehož složení je odvislé od aktuálních potřeb v jednotlivých fázích projektu.