Na řízení a organizaci projektu Kampusu Albertov se podílejí zástupci zúčastněných fakult, univerzity a zástupce ministerstva školství. Výkonnou složku zajišťuje manažer projektu se svým týmem.

Řídící struktura má následující složky:

Monitorovací výbor – sestávající z děkanů zúčastněných fakult, rektora a dalších zástupců vedení univerzity, zástupce Ministerstva školství ČR

Pracovní skupina – složená ze zástupců jednotlivých fakult a rektorátu univerzity

Vědecká rada – zastoupena odborníky vědeckých směrů, garanty vědecko-výzkumného programu Kampusu Albertov

Manažer projektu a jeho tým, jehož složení je odvislé od aktuálních potřeb v jednotlivých fázích projektu