Na řízení a organizaci projektu Kampusu Albertov se podílejí zástupci zúčastněných fakult, univerzity a zástupce ministerstva školství. Výkonnou složku zajišťuje manažer projektu se svým týmem. Řídící struktura má následující složky:
Monitorovací výbor
Složený z děkanů zúčastněných fakult, rektora a dalších zástupců vedení univerzity, zástupce Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR.
prof. MUDr. Milena Králíčková, Ph.D., rektorka UK
Mgr. Martin Maňásek, kvestor
doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D., děkan Přírodovědecké fakulty UK
doc. MUDr. Martin Vokurka, CSc., děkan 1. lékařské fakulty UK
doc. RNDr.Mirko Rokyta, CSc., děkan Matematicko–fyzikální fakulty UK
zástupce Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR
Pracovní skupina Kampusu Albertov
Složená ze zástupců jednotlivých fakult a rektorátu univerzity.
Mgr. Martin Maňásek, kvestor UK
prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D., předseda Vědecké rady KA
RNDr. Aleš Soukup, Ph.D., proděkan PřF pro Kampus Albertov a projektovou činnost
Ing. Ivan Mikula, Ph.D., 1. lékařská fakulta
doc. PhDr. RNDr. Josef Stráský, Ph.D., Matematicko-fyzikální fakulta
Mgr. Monika Šplíchalová, MBA, manažerka projektu Kampus Albertov
Vědecká rada
Zastoupena odborníky vědeckých směrů, garanty vědecko-výzkumného programu Kampusu Albertov.
prof. RNDr. Petr Horák, Ph.D., předseda Vědecké rady KA
prof. RNDr. Jan Hála, DrSc., Matematicko-fyzikální fakulta UK
doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc., Přírodovědecká fakulta UK
RNDr. Jakub Langhammer, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Martin Mihaljevič, CSc., Přírodovědecká fakulta UK
doc. RNDr. Ivan Němec, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D., proděkan Přírodovědecká fakulta UK
doc. RNDr. Martin Ouředníček, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK
doc. RNDr. Adam Petrusek, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK
RNDr. Aleš Soukup, Ph.D., proděkan, Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Luděk Sýkora, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK
prof. RNDr. Zdeněk Fišar, DrSc., 1. lékařská fakulta UK
Ing. Ivan Mikula, Ph.D., 1. lékařská fakulta UK
doc. MUDr. Ondřej Šeda, Ph.D., 1. lékařská fakulta UK
prof. MUDr. Libor Vítek, Ph.D., 1. lékařská fakulta UK
prof. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc., Matematicko-fyzikální fakulta UK
doc. RNDr. Tomáš Halenka, CSc., Matematicko-fyzikální fakulta UK
doc. Mgr. Michal Kulich, Ph.D., Matematicko-fyzikální fakulta UK
doc. RNDr. Pavel Svoboda, CSc., Matematicko-fyzikální fakulta UK
Manažer projektu a jeho tým, jehož složení je odvislé od aktuálních potřeb v jednotlivých fázích projektu.